Trước kia đã xảy ra một cuộc chiến với một sinh vật khổng lồ được gọi là Zentradi. Loài người lên đường tìm kiếm một vùng đất mới trong vũ trụ bao la. Và vào năm 2059, một hạm đội lớn được tạo ra gọi là Macross Frontier. Và tiếp tục cuộc hành trình vào trung tâm của vũ trụ.

Bộ phim bắt đầu bằng việc Sheryl Nome một cô ca sĩ nổi tiếng trong vũ trụ tới Macross Frontier biểu diễn. Ranka Lee một cô bé hoạt bát rất hay cười và có một giọng hát kì diệu nhưng lại không bao giờ hát cho người khác nghe và cô bé không nhớ gì về thời thơ ấu của mình rất hâm mộ Sheryl. Trên đường tới buổi biểu diễn của Sheryl thì cô đụng phải Alto Saotome một sinh viên trong học viện đào tạo phi công Mihoshi được bạn bè đạt cho một cái tên là Princess vì anh ta để một mái tóc dài và đẹp như một cô gái.

Còn bên ngoài Macross Frontier, một con tàu tuần tra của trạm đột nhiên bị tấn công bởi một sinh vật bí ẩn. Sinh vật bí ẩn đã chọc thủng hang phòng vệ của Macross Frontier tấn công vào trong thành phố chính. Khi đó Alto đang bay biểu diễn cho Sheryl còn Ranka thì đang thích thú đứng coi biểu diễn thì buỗi biễu diễn bị ngừng vì báo động. Sinh vật đó đã vào được trong thành phố một chiếc VF-25 tấn công nó và rồi phi công của chiếc máy bay hi sinh. Ranka lại ở ngay gần con quái thế là Alto nhảy vào chiếc VF-25 tấn công con quái để cứu Ranka.

Thế là bắt đầu một mối tình tay ba trong một cuộc chiến sống còn của người trên trạm với một đối thủ chưa rõ nhưng nếu họ thua thì họ sẽ không có tương lai.